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GPU-accelerated molecular dynamics simulations for systems with Lennard-Jones type potentials

Por • Fecha 18 May, 2016 • Con 0 Comentarios • En: Nvidia |

In this work a basic algorithm to study molecular systems with Lennard-Jones type potentials is presented. A parallelization strategy with CUDA is implemented in order to accelerate the computations using GPU. Simulation results with a large number of particles (about 106) show different equilibrium states that depend on the initial arrangement (fcc-crystal or random) of particles. This is due to the difference in total energy depending on the initial configuration. These differences are accentuated when the number of particles are greater than 105. For small systems (<100,000 atoms) differences in total energy for systems with different configurations are negligible, and the systems exhibit the same equilibrium states. As such phenomena appear only in large systems, hence the urgent need of parallelization strategies using GPU's. 


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Avances y proyecciones GTC-2016

Por • Fecha 02 May, 2016 • Con 0 Comentarios • En: Nvidia |

Se listan brevemente las modificaciones en las familias de GPUs para el año 2016 por parte de la compañía Nvidia®. También se presentan las nuevas tecnologías: la tarjeta P100, Nvlink®, memorias HBM2® y los nuevos modelos de programación para la arquitectura Pascal. Finalmente, se muestran la directrices para el año 2016 en el Área de I+D en Lufac®, las cuales se concentran en el desarrollo de Aplicaciones Científicas usando OpenACC y las herramientas de depuración y caracterización más modernas (Allinea).


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Pruebas de rendimiento y precisión entre GPUs Nvidia de Gama Alta (Tesla K80) y tarjetas de Gama Media (GeForce)

Por Jose Zamora • Fecha 04 Sep, 2015 • Con 0 Comentarios • En: Nvidia |

Resumen— Las pruebas de rendimiento y precisión mostradas de en este trabajo se realizaron explorando las mejoras de tarjetas GPU Nvidia en su serie de HPC denominadas Tesla. Las comparativas se realizaron con tarjetas de Gama Media (GeForce) creadas en un principio para entusiastas de los videojuegos. El software de prueba  es Hoomd, Lammps y Moldynamics en sus versiones más nuevas. En un futuro se agregarán más programas de prueba.


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Estados finales en diferentes tamaños de sistemas moleculares

Por Jose Zamora • Fecha 01 Sep, 2015 • Con 0 Comentarios • En: Sistemas | Simulaciones |

Resumen— Describir el estado del arte del siguiente problema científico: “En simulaciones de 1 millón de partículas se llegan a estados finales distintos a partir de estados iniciales diferentes, en sistemas menores a 500,000 partículas los estados finales son idénticos.” Este problema está bien definido, se puede describir a corto plazo y se requiere un sistema computacional con la potencia numérica suficiente como para simular problemas pequeños (~10e3 elementos) y problemas enormes (~1e6 elementos).


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Polimorfismo y Simulación Computacional

Por Jose Zamora • Fecha 04 Dec, 2014 • Con 0 Comentarios

Resumen—Considerar perfeccionar las técnicas de programación para aplicaciones de cómputo científico, puede ser fundamental para que que se alcancen los rendimientos más óptimos en simulaciones numéricas. Existen factores adema ́s del rendimiento que se deben tomar en cuenta cuando se construyen programas científicos, en este trabajo se abordan tres ramas importantes: que los códigos sean rehusables, ordenados y empaquetados. El paradigma de programación usado para cubrir estos requerimientos es la Programación Orientada a Objetos (POO). Al final de este trabajo se reportan rendimientos para diferentes implementaciones de polimorfismo usando el lenguaje de programación C++, en la solución al problema numérico de N-cuerpos.


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